Maladies de la Faune Sauvage en Antarctique

Les maladies infectieuses sont l’une des causes principales de mortalité chez les animaux sauvages, à travers le monde. De plus, les pathogènes et parasites peuvent avoir des effets sub-létaux chez leurs hôtes, tels que la réduction du succès reproducteur dus à des changements physiologiques, qui peut à son tour contribuer au déclin de la population. Les infections peuvent également interagir avec les toxines (telles que les polluants organiques) (1) augmentant la vulnérabilité de l’hôte face aux infections secondaires issues d’autres pathogènes et parasites, ou encore réduire la capacité des animaux à s’adapter aux changements environnementaux extrêmes. Les maladies infectieuses émergentes présentent également une menace considérable pour les populations, en particulier lorsqu’une espèce est incapable d’avoir une réponse immunitaire efficace face à de nouveaux pathogènes avec lesquels elle n’aurait pas évolué de concert.

Les connaissances actuelles en termes de maladies infectieuses chez les oiseaux et mammifères marins de l’Antarctique ont fait l’objet de plusieurs revues (2, 3, 4). Ici, nous nous concentrons sur les virus, les bactéries et les protozoaires en raison de leur plus grand potentiel à déclencher des épidémies  et à changer d’hôte, en comparaison avec les macro-parasites (externes et internes aux animaux), qui peuvent avoir des cycles de vie plus complexes.

Une large variété de pathogènes et de maladies infectieuses a été constatée chez les oiseaux marins en Antarctique et dans la région Sub-Antarctique, soit par observation directe de l’infection, soit par preuve sérologique (Tableau 1).

Tableau 1: Pathogènes et micro-organismes potentiellement pathogènes enregistrés chez les oiseaux marins en Antarctique (au-dessus de 60ºS) (A) ou en Sub-Antarctique (en-dessous de 60ºS) (S). Références entre crochets.

Les connaissances en termes de maladies infectieuses chez les mammifères marins sont moins étendues que pour les oiseaux marins et concernent uniquement les pinnipèdes (8), sans aucune information sur les cétacés dans l’Océan Austral. Salmonella a été décrite dans de nombreuses espèces de pinnipèdes antarctiques (9, 10), Cryptosporidium a été détecté dans un seul échantillon fécal d’éléphant de mer (11) et le virus de la variole du phoque a été rapporté chez un phoque de Weddell (3).

La présence d’anticorps contre plusieurs pathogènes a été mise en évidence chez des pinnipèdes en Antarctique et la région Sub-Antarctique (Tableau 2).

Tableau 2: Pathogènes et micro-organismes potentiellement pathogènes enregistrés chez les mammifères marins en Antarctique (au-dessus de 60ºS) (A) ou en Sub-Antarctique (en-dessous de 60ºS) (S). Références entre crochets.

Les événements de mortalité à grande échelle sont apparemment inhabituels en Antarctique, ce qui laisse à penser que : a) les épidémies et les problèmes de santé représentent très peu de risque pour la faune sauvage antarctique et/ou b) les effets des maladies infectieuses ont été sous-estimés en raison des études trop peu nombreuses et de l’absence d’une surveillance systématique à long-terme des événements de mortalité. A ce jour, seulement huit événements de ce type, probablement causée par des maladies, ont été rapportés, concernant principalement des oiseaux marins (Tableau 3).

Tableau 3: Evénements de mortalité à grande échelle enregistrés dans la région Antarctique chez les oiseaux et mammifères marins.

Cependant, dans certains cas, il est difficile d’attribuer la mortalité observée directement à une maladie puisque généralement, peu ou pas d’enquêtes diagnostiques ont été entreprises.

L’introduction de pathogènes au sein de la faune sauvage antarctique peut provenir de deux sources : a) des espèces migratoires qui couvrent de grandes distances entre l’Antarctique et d’autres zones (20, 21) (par exemple, les albatros, les labbes de McCormick, les pétrels géants, les sternes arctiques, les éléphants de mer, les otaries de Kerguelen) ou b) l’activité humaine (les activités scientifiques et de logistique associées et le tourisme). De nombreuses voies d’introduction d’espèces non-endémiques, y compris le transport direct et la gestion inappropriée des déchets et boues d’épuration de bateaux, de stations de recherche ou de campements, peuvent potentiellement favoriser l’arrivée de micro-organismes (22). L’introduction de nouveaux pathogènes à travers l’activité humaine doit constituer l’une des préoccupations majeures pour la sauvegarde à long-terme de l’écosystème antarctique. La présence humaine a augmenté au cours des dernières décennies et des données récentes de IAATO et du COMNAP démontrent que 37 405 touristes ont visité l’Antarctique et au moins 4 462 chercheurs et professionnels de la logistique ont travaillé dans la région au cours d’une année (2013-2014). Etant donné la concentration des activités dans les régions de la Péninsule Antarctique et de la mer de Ross, ces zones pourraient être plus exposées au risque d’introduction de nouveaux pathogènes si les voies sont similaires à celles de l’introduction de propagules de plantes envahissantes (23). Une attention toute particulière doit être également portée au risque de dissémination anthropique de pathogènes potentiels entre sites, à l’intérieur même de la région antarctique.

Surveiller la santé de la faune sauvage antarctique est une activité nécessaire à la bonne gestion de l’environnement. Les Parties ont déjà reconnu l’importance de la recherche sur les maladies de la faune sauvage et l’intérêt qu’il y aurait à établir des programmes de recherche et de surveillance internationaux coordonnés, ce qui n’a pas pu se faire jusqu’à présent. Les connaissances actuelles des maladies de la faune sauvage antarctique se limitent à quelques groupes de recherche seulement, étudiant les organismes dans leurs propres domaines d’expertise, sans cadre général. Cela contribue à biaiser les informations relatives aux maladies, restreintes à de petites régions géographiques ou limitées à un certain nombre d’espèces, par exemple les manchots des îles Shetland du Sud, avec peu de données connues ou observées pour la plus grande partie du continent. Afin de combler les lacunes en termes de connaissances de la santé de la faune sauvage antarctique et le statut des maladies, un groupe de travail a été créé au sein du Groupe d’experts sur les oiseaux et mammifères marins du SCAR (EG-BAMM).

Alors qu’il existe des outils pour mesurer les risques de maladie pour la faune sauvage dans la plupart des régions du monde, ceux-ci sont inutilisables en Antarctique en raison de la nature fragmentée et limitée des informations disponibles sur les maladies. Une surveillance efficace de la santé comprenant des études à long-terme sur davantage d’espèces et de populations sur des sites choisis, incluant des informations écologiques sur la faune sauvage antarctique, ses pathogènes, ses parasites et son microbiome habituel, est nécessaire pour appréhender les risques potentiels. La mise en place de banques de tissus permettrait de ré-analyser à l’avenir le matériel ainsi conservé avec de nouvelles méthodes alors que l’utilisation de techniques génomiques pourrait considérablement changer notre compréhension de l’interaction hôte / pathogène.